Durante la segunda mitad del siglo XVI, la Compañía de Jesús atravesó una grave crisis que no se puede reducir al problema de imponer los estatutos de limpieza de sangre, ni mucho menos se puede defender que se debió a la actuación de un grupo de jesuitas de origen judeoconverso, que actuaron con conciencia de su genealogía. El asunto fue mucho más complejo: la Compañía de Jesús durante el generalato de Mercuriano y sobre todo de Aquaviva se esforzó en desarrollar sus propios principios y fijar la identidad, que la iba a caracterizar durante su historia, frente a las presiones para someterla que le ejercían los grupos de poder dirigentes de las dos grandes instituciones de la época con vocación universal: la Monarquía hispana y la Iglesia Católica, que querían ponerla a su servicio para la expansión mundial.
En esta pugna, que estuvo a punto de partir en dos a la Compañía, la cuestión de los “expedientes de limpieza de sangre” constituyó una de las manifestaciones representativas de los ideales de las elites castellanas que organizaron la Monarquía hispana (contraria al universalismo defendido por la Iglesia de Roma), que justificaban su actuación política en un catolicismo hispano (castellano). Ante el temor de la ruptura, Aquaviva convocó una Congregación General extraordinaria en 1594.
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