• Llusia, D. y Oñate, J.J. 2006. Conservación del medio ambiente en los sistemas agrarios de la provincia de Segovia: Situación actual, políticas y opiniones de agricultores y ganaderos. Colección Naturaleza y Medio Ambiente. Obra Social y Cultural de la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de Segovia. Segovia. ISBN: 84-96145-64-6.

• Oñate, J.J., Pereira, D., Suárez, F., Rodríguez, J.J. y Cachón, J. 2002. Evaluación Ambiental Estratégica: La evaluación ambiental de Políticas, Planes y Programas. Ediciones Mundi-Prensa. Madrid. 382 pp. ISBN: 84-8476-013-8.

• Cobo, J., Oñate, J.J., Díez, A. et al. 1996. La Cañada Real Segoviana a su paso por Madrid. Los Libros de la Catarata. Madrid. 143 pp. ISBN: 84-8198-173-7.

Libros como editor:

• Suárez, F. y Oñate, J.J. (Eds.). 1999. Conservación de la naturaleza y mundo rural. Experiencias y perspectivas para el s. XXI. Francisco Suárez Editor. Madrid. 172 pp. ISBN: 84-605-8833-5.

Libros, como revisor de la traducción:

• Baltanás, A., Castro, I., Malo, J., Montes, C., Morales, M., Oñate, J.J., Peco, B., Ruiz, M., Traba, J. de Lucio, J.V. y Rey, J.M. 2006. Revisores técnicos de la edición española del libro: Molles, M.C. Ecología: Conceptos y aplicaciones. Mc Graw Hill-Interamericana. Madrid. 971 pp. ISBN: 84-481-4595-X.

Capítulos en libros internacionales:

• Beaufoy, G., Caballero, R. & Oñate, J.J. 2012. Spain. En: Oppermann, R., Beaufoy, G. & Jones, G. (Eds.) High Nature Value Farming in Europe, pp. 382-405. Verlag Regionalkultur, Ubstadt-Weiher. ISBN: 978-3-89735-657-3.

• Oñate, J.J. 2005. A reformed CAP? Opportunities and threats for the conservation of steppe-birds and the agri-environment. En: Bota, G., Morales, M.B., Mañosa, S. y Camprodon, J. (Eds.) Ecology and Conservation of Steppe-land Birds, pp. 253-282. Lynx Edicions, Barcelona. ISBN: 84-87334-99-7.

• Oñate, J.J., Juntti, M. & Wilson, G.A. 2005. Desertification and policies: the global, European and national arenas. En: Wilson, G.A. y Juntti, M. (Eds.) Unravelling desertification: policies and actor networks in Southern Europe, pp. 31-60. Wageningen Academic Publishers, Wageningen. ISBN: 9076998426.

• Oñate, J.J. & Peco, B. 2005. Desertification and policies in Spain: from land abandonment to intensive irrigated areas. En: Wilson, G.A. y Juntti, M. (Eds.) Unravelling desertification: policies and actor networks in Southern Europe, pp. 73-100. Wageningen Academic Publishers, Wageningen. ISBN: 9076998426.

• Oñate, J.J. 2004. Cereal Steppes in Spain. En: Terwan, P., Ritchie, M., van der Weijden, W., Verschuur, G., & Joannides, J. (Eds.) Values of Agrarian Landscapes across Europe and North America, pp. 74-79. Reed Business Information, Doetimchen. ISBN: 90-5439-147-2.

• Peco, B., Oñate, J.J. & Requena, S. 2001. Dehesa grasslands: natural values, threats and agri-environmental measures in Spain. En: VII European Forum for Nature Conservation and Pastoralism: Recognising European Pastoral Farming Systems and Understanding their Ecology, pp. 37-43. EFNCP. Ennistymon, Irlanda. ISBN: 1 902855 01 9.

• Oñate, J.J. 2001. The experience of agri-environment schemes in Spain. En: Bunce, R., Pérez-Soba, M., Elbersen, B., Prados, M., Andersen, E. & Bell, M. (Eds.) Examples of European agri-environment schemes and livestock systems and their influences on Spanish cultural landscapes, pp. 69-75. Alterra, Wageningen. ISSN: 1566-7197.

• Peco, B. Suárez, F., Oñate, J.J., Malo, J.E. & Aguirre, J. 2000. Spain: first temptative steps towards an agri-environmental programme. En: Buller, H., Wilson. G. & Höll, A. (Eds.) Agri-environmental policy in the European Union, pp. 145-168. Ashgate, Aldershot. ISBN: 1 84014 504 8.

• Peco, B., Malo, J.E., Oñate, J.J., Suárez, F. & Sumpsi, J.M. 1999. Agri-environmental indicators for extensive land-use systems in the Iberian Peninsula. En: Brouwer, F. & Crabtree, R. (Eds.) Agriculture and environment in Europe: The role of indicators in agricultural policy development, pp. 137-156. CAB International, The Hague. ISBN: 0 85199 289 7.

• Peco, B., Oñate, J.J., Suárez, F., Malo, J.E., Aguirre, J. & Cummings, C. 1999. Measuring the effects of agri‑environmental schemes in valuable steppe land habitats of Central Spain: the utility of official agricultural statistics. En: Pienkowski, M.W. & Jones, D.G.L. (Eds.) Managing farmland of high nature conservation value: policies processes and practices, pp. 119-123. European Forum on Nature Conservation and Pastoralism, Islay. ISBN: 1 902 855 00 0.

• Suárez, F., Peco, B. & Oñate, J.J. 1998. Perspectives in Ecology and Natural Resources Management. En: Susanne, C. & Galle, L. (Eds.) Ecotechnie and Sustainable Development, pp.189-204. Officina Press, Szeged. ISBN: 963 482 2835.

• Suárez, F. & Oñate, J.J. 1994. Dupont's lark, Chersophilus duponti. En: Tucker, G.M. & Heath, M. (Eds.) Birds in Europe: Their conservation status, pp. 350-351. BirdLife International, Cambridge. ISBN: 0 946888 29 9. 

Capítulos en libros nacionales: 

• Suárez, F., Garza, V., García, J.T., Justribó, J.H., Carriles, E., Oñate, J.J., Calero-Riestra, M. y Hervás, I. 2010. Estructura del hábitat durante el periodo reproductor: diferencias entre España y Marruecos y sus regiones. En: Suárez, F. (Ed.) La alondra ricotí, Chersophilus duponti, pp. 123-131. Organismo Autónomo Parques Nacionales. Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino. Madrid. ISBN: 978-84-8014-776-6.

• Oñate, J.J. 2009. Regadío y ecología: Exigencias medio ambientales. En: Gómez-Limón, J.A, Calatrava, J., Garrido, A., Sáez, J. y Xabadía, A. (Eds). Economía del agua de riego en España. Una perspectiva regional, pp. 407-428. Fundación Cajamar. Almería. ISBN: 978-84-95531-45-2.

• Oñate, J.J. 2007. Biodiversidad y actividad agraria. En: Gómez-Limón, J.A. y Barreiro, J. (Eds). La multifuncionalidad de la agricultura, pp.155-172. Eumedia-Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. Madrid. ISBN: 84-930738-8-6.

• Pereira, D., Oñate, J.J. y Rodríguez, J.J. 2006. La Evaluación Ambiental Estratégica en la lucha contra el hambre y la pobreza. En: Trueba, I. (Ed.) El fin del Hambre en 2025. Un desafío para nuestra generación, pp. 865-885. Mundi-Prensa, Madrid. ISBN: 84-8476-283-1.

• Oñate J.J. 2006. El desarrollo rural que viene: ¿Ultima gran oportunidad para las aves esteparias? En: Yanes, M. y Delgado, J.M. Aves esteparias en Andalucía. Bases para su conservación, pp. 162-163. Manuales de conservación de la naturaleza nº 3. Consejería de Medio Ambiente, Sevilla. ISBN: 84-96329-67-4.

• Oñate J.J. 2004. La experiencia de las medidas agroambientales en España. En: Prados, J.M. (Ed.) Medidas agroambientales y sistemas ganaderos en Europa. Su contribución a la conservación de los paisajes culturales, pp. 75-84. Consejería de Agricultura y Pesca, Junta de Andalucía, Sevilla. ISBN: 84-8474-154-0.

• Oñate, J.J., Suárez, F. y Cobo, J. 2002. Conservar el territorio y los paisajes: Más allá de la Red Natura 2000. En: Araújo, J. (Ed.) Ecología: perspectivas y políticas de futuro, pp. 97-116. Junta de Andalucía-Fundación Alternativas, Sevilla. ISBN: 84-95785-10-2.

• Suárez, F., Oñate, J.J. y Morales, M. 2002. Llanuras y estepas. En: Reyero, J.M. (Ed.) La Naturaleza de España, pp. 84-95. Ministerio de Medio Ambiente, Madrid. ISBN: 84-8014-276-6.

• Oñate, J.J., Suárez, F. y Cachón, J. 2001. El regadío y la evaluación ambiental estratégica. En: Los Regadíos Españoles. II Symposium Nacional, pp. 470-476. Colegio Oficial de Ingenieros Agrónomos de Centro y Canarias-Editorial Agrícola Española, Madrid. ISBN: 84-85441-61-3.

• Aguirre, J., García Alarcón, C.. Malo, J.E., Oñate, J.J., Cummings, C., Suárez, F. y Peco, B. 2000. El Fomento de la Agricultura Ecológica por el Programa Agroambiental Español (2078/92/CEE): Perspectivas y Realidades. En: Una alternativa para el mundo rural del tercer milenio, pp. 559-566. Sociedad Española de Agricultura Ecológica, Valencia. DL: V-2097-2000.

• Oñate, J.J. 1999. Resultados y efectos de un programa agro-ambiental: el caso de las Estepas Cerealistas de Castilla y León. En: Suárez, F. y Oñate, J.J. (Eds.) Conservación de la naturaleza y mundo rural: experiencias y perspectivas para el s. XXI, pp. 91-108. Francisco Suárez Editor, Madrid. ISBN: 84-605-8833-5.

• Suárez, F. y Oñate, J.J. 1999. La necesidad de resucitar la ordenación territorial como amalgama de las políticas sectoriales con incidencia sobre el territorio y la conservación. En: Libro-homenaje a Don Angel Ramos Fernández, pp. 545-558. Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales-Academia de Ingeniería-ETSIM, Madrid. ISBN: 84-87125-42-5.

• Peco, B. y Oñate, J.J. 1999. Las medidas agro-ambientales: necesidad y dificultades para operativizar el seguimiento de sus beneficios. En: Libro-homenaje a Don Angel Ramos Fernández, pp. 1463-1474. Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales-Academia de Ingeniería-ETSIM, Madrid. ISBN: 84-87125-42-5.

• Yanes, M., de la Puente, J., Torres, J.C., Herranz, J., Seoane, J., Oñate, J.J. y Suárez, F. 1999. Las ZEPAS de la Comunidad de Madrid y las autopistas radiales: medidas correctoras y compensatorias. En: Actas del I Congreso Hispano-Portugués y IV Simposio Español sobre Carreteras y Medio Ambiente, pp. 651-658. Asociación Técnica de Carreteras, Madrid. ISBN: 84-87825-09-5.

• Suárez, F., Oñate, J.J. y Herranz, J. 1999. Estado y problemática de conservación de las gangas ibérica y ortega en España. En: Herranz, J. y Suárez, F. (Eds.) La Ganga Ibérica (Pterocles alchata) y La Ganga Ortega (Pterocles orientalis) en España. Distribución, abundancia, biología y conservación, pp. 273-302. Organismo Autónomo de Parques Nacionales. Colección Técnica. Ministerio de Medio Ambiente, Madrid. ISBN: 84-8014-280-4.

• Oñate, J.J., Garza, V. y Suárez, F. 1997. Cambios de paisaje y el declive del Águila perdicera. En: Manrique, J., Sánchez, A. Suárez, F. y Yanes, M. (Eds.) Actas de las XII Jornadas Ornitológicas Españolas, pp. 181-190. Instituto de Estudios Almerienses, Almería. ISBN: 84-8108-138-8.

Artículos en revistas incluidas en el Science Citation Index: 

• Guerrero, I., Morales, M.B., Oñate, J.J., Geiger, F., Berendse, F., Snoo, G., Eggers, S., Pärt, T., Bengtsson, J., Clement, L.W., Weisser, W., Olszewski, A., Ceryngier, P., Hawro, V., Liira, J., Thies, C., & Tscharntke, T. 2012. Response of ground-nesting farmland birds to agricultural intensification across Europe: landscape and field level management factors. Biological Conservation, 152: 74–80.

• Morales, M.B., Guerrero, I., Oñate, J.J. & Meléndez, L. 2012. Inter-specific association and habitat use in a farmland passerine assemblage. Ecological Research, 27: 691–700.

• Guerrero, I., Morales, M.B., Oñate, J.J., Aavik, T., Bengtsson, J., Berendse, F., Clement, L.W. Dennis, D.,  Eggers, S., Emmerson, M., Fischer, C., Flohre, A., Geiger, F., Hawro, V., Inchausti, P., Kalamees, A., Kinks, R., Liira, J., Meléndez, L., Pärt, T., Thies, C., Tscharntke, T., Olszewski, A. & Weisser, W. 2011. Taxonomic and functional diversity of farmland bird communities across Europe: effects of biogeography and agricultural intensification. Biodiversity and Conservation, 20: 3663-3681.

• Flohre, A., Fischer, C, Aavik, T., Bengtsson, J, Berendse, F., Bommarco, R., Ceryngier, P., Clement, L.W., Dennis, C, Eggers, S., Emmerson, M., Geiger, F., Guerrero, I., Hawro, V, Inchausti, P., Liira, J, Morales, M.B., Oñate, J.J., Pärt, T., Weisser, W.W., Winqvist, C., Thies, C. & Tscharntke, T. 2011. Agricultural intensification and biodiversity partitioning in European landscapes comparing plants, carabids and birds. Ecological Applications, 21: 1772–1781.

• Geiger, F., de Snoo, G.R., Berendse, F., Guerrero, I., Morales, M.B., Oñate, J.J., Eggers, S., Pärt, T., Bommarco, R., Bengtsson, J., Clement, L.W., Weisser, W.W.,  Olszewski, A., Ceryngier, P., Hawro, V., Inchausti, P., Fischer, C.,  Flohre, A., Thies, C., & Tscharntke, T. 2010. Landscape composition influences farm management effects on farmland birds in winter: a pan-European approach. Agriculture, Ecosystems and Environment, 139: 571–577.

• Guerrero, I., Martínez, P., Morales, M.B. & Oñate, J.J. 2010. Influence of agricultural factors on weed, carabid and bird richness in a Mediterranean cereal cropping system. Agriculture, Ecosystems and Environment, 138: 103-108.

• Geiger, F., Bengtsson, J., Berendse, F., Weisser, W.W., Emmerson, M., Morales, M.B., Ceryngier, P., Liira, J., Tscharntke, T., Winqvist, C., Eggers, S., Bommarco, R., Pärt, T., Bretagnolle, V., Plantegenest, M., Clement, L.W., Dennis, C., Palmer, C., Oñate, J.J., Guerrero, I., Hawro, V., Aavik, T., Thies, C., Flohre, A., Hänke, S., Fischer, C.,  Goedhart, P.W. & Inchausti P. 2010. Persistent negative effects of pesticides on biodiversity and biological control potential on European farmland. Basic and Applied Ecology, 11: 97-105.

• García, J.T., Suárez, F., Garza, V., Hernández, J., Oñate, J.J., Hervás, I., Calero, M. & García de la Morena, E. 2008. Assessing the distribution, habitat, and population size of the threatened Dupont’s lark Chersophilus duponti in Morocco: lessons for conservation. Oryx, 42: 592-599.

• Oñate, J.J., Atance, I., Bardají, I. & Llusia, D. 2007. Modelling the effects of alternative CAP policies for the Spanish high-nature value cereal-steppe systems. Agricultural Systems, 94: 247-260.

• Oñate J.J. & Peco, B. 2005. Policy impact on desertification: Stakeholders’ perceptions in southeast Spain. Land Use Policy, 22: 103-114.

• Llusia, D. & Oñate, J.J. 2005. Are the conservation requirements of pseudo-steppe birds adequately covered by Spanish agri-environmental schemes? An ex-ante assessment. Ardeola, 52: 31-42.

• Suárez, F., Garza, V., Oñate, J.J., García de la Morena, E., Ramírez, A. & Morales, M. 2004. Adequacy of winter stubble maintenance for steppe passerine conservation in central Spain. Agriculture, Ecosystems and Environment, 104: 667-671.

• Primdahl, J., Peco, B., Schramek, J. Andersen, E. & Oñate, J.J. 2003. Environmental effects of agri-environmental schemes in Western Europe. Journal of Environmental Management, 67: 129-138.

• Oñate, J.J., Pereira, D. & Suárez, F. 2003. Strategic Environmental Assessment of European Union’s Regional Development Plans: A Case Study in Doñana National Park (Spain). Environmental Management, 31: 642-655.

• Suárez, F., Traba, J., Morales, M., Arrieta, S., Herranz, J. & Oñate, J.J. 2003. Aves y Evaluación de Impacto Ambiental: ¿Estamos identificando el problema correctamente? Ardeola, 50 (2): 295-300.

• Oñate, J.J., Andersen, E., Peco, B. & Primdahl, J. 2000. Agri-environmental schemes and the European agricultural landscapes: The role of indicators as valuing tools for evaluation. Landscape Ecology, 15: 271-280.

• Oñate, J.J., Malo, J.E., Peco, B. & Suárez, F. 1998. Regional and environmental aspects in the implementation of Spanish agri-environmental schemes. Journal of Environmental Management, 52: 227-240.

• Oñate, J.J. 1997. Fractal analysis of climatic data: annual precipitation records in Spain. Theoretical and Applied Climatology, 56: 83-87.

• Oñate, J.J. & Pou, A. 1996. Temperature variations in Spain since 1901. A preliminary analysis. International Journal of Climatology, 16: 805-815.

• Yanes, M. & Oñate, J.J. 1996. Does nest predation affect nest-site selection in Larks? Rev. Ecol. (Terre Vie), 51: 259-267.

• Oñate, J.J. & Pou, A. 1995. Climatic Changes in Western Spain. Are there any correspondences with the phytoclimates?. International Journal of Biometeorology, 39: 22-28.

Artículos en otras revistas científicas:

• Morales, M.B., Guerrero, I. & Oñate, J.J. 2013. Efectos de la gestión agraria en las aves de los cultivos cerealistas: un proceso multiescalar. Ecosistemas, 22: 25-29.

• Tarjuelo, R., Guerrero, I., Oñate, J.J. & Morales, M.B. 2010. Influencia de la gestión agraria sobre la abundancia de micromamíferos en zonas de cultivo del centro de la Península Ibérica. Ecología, 23: 165-176.

• Rodríguez, J.J., Oñate, J.J. y Pereira, D. 2006. Una revisión bibliográfica de manuales, guías, fuentes, fondos y casos ejemplares de evaluación ambiental estratégica del planeamiento urbanístico. Ciudad y Territorio- Estudios Territoriales, 149-150: 697-714.

• Aguirre, J., Malo, J.E., Oñate, J.J., Cummings, C., Suárez, F. y Peco, B. 1999. Programas agroambientales en zonas ganaderas de montaña: el caso de Belmonte de Miranda (Asturias). ITEA, vol. extra 20 (1): 205-207.

• Peco, B., Suárez, F., Oñate, J.J., Malo, J.E., Aguirre, J. y Cummings, C. 1998. Definición y utilización de indicadores agroambientales. La experiencia de un proyecto FAIR. Agricultura y Sociedad, 86:207-220.

• Oñate, J.J. y Álvarez, P. 1997. El programa de Estepas Cerealistas en Castilla y León. Revista Española de Economía Agraria, 179: 297-330.

• Suárez, F., Oñate, J.J., Malo, J.E. y Peco, B. 1997. Las políticas agroambientales y la conservación de la naturaleza en España. Revista Española de Economía Agraria, 179: 267-296.

• Oñate, J.J. 1997. Crítica del libro “Pain, D.J. y Pienkowsky, M.W. (Eds.). Farming and Birds in Europe”. Agricultura y Sociedad, 83:205-209.
  

Artículos en revistas divulgativas:

• Oñate, J.J., Morales, M.B. y Guerrero, I. 2010. La biodiversidad sigue bajo la amenaza de los plaguicidas. Quercus, 292: 60-61.
  

• Suárez, F., Justribó, J.H., Oñate, J.J., Calero-Riestra, M., Garza, V. Hervás, I., Viñuela, J., Pérez-Tris, J. y García, J.T. 2008. Paleogeografía y estado de conservación de la alondra ricotí en el Norte de África. Quercus, 263: 26-34.

• Oñate, J.J. 2006. Reforma de la PAC i els seus efectes en la natura mediterrània. dCIDOB, invierno 2005-2006: 14-18.

• Oñate, J.J. 2005. High Nature Value farming systems in Spain: experience and future prospects. La Cañada, 19: 5-7.

• Oñate, J.J. 2005. Se buscan alondras: expedición invernal al oriente marroquí. El Acebuche, 17: 69-72.

• Suárez, F., Garza, V., Herranz, J., Ramírez, A., Oñate, J.J., Traba, J. y Morales, M. 2003. La primavera silenciosa de las alondras ibéricas. Delicado trance para un grupo de aves poco estudiado. Quercus, 205: 16-21.

• Suárez, F., Herranz, J. y Oñate, J.J. 2002. Ganga, sombra del secano. Jara y Sedal, 8: 88-94.

• Oñate, J.J., Cachón, J., García, F. y Suárez, F. 1995. Los Estudios de Impacto Ambiental de autovías y autopistas en el Estado español: ¿normativa o interpretación? Ingeniería Civil, 98: 61-67.