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HERRAMIENTAS, estadística y referencias
La mayor parte de mi trabajo de análisis lo realizo con el programa estadístico S-plus, que puede usarse a través de una sencilla interfaz de usuario pero cuyas máximas prestaciones se obtienen a través de la austera línea de comandos. Merece la pena aprender algunos rudimentos del lenguaje S que implementa el programa, bien con alguno de los libros que menciono más abajo o bien con recursos en la web (el mejor tutorial que conozco es A guide for the unwilling S user de Patrick Burns, aunque otros recursos posibles son estas seis lecciones en castellano preparadas por María Eglée Pérez: i, ii, iii, iv, v y vi; o bien este tutorial en inglés de la Universidad de Alaska en Fairbanks). Se trata de un lenguaje orientado a objetos que resulta próximo a la forma en que los humanos pensamos naturalmente (si no eres humano esto no será una ventaja, claro). Después de los manuales, quizás la fuente más inmediata de información es su lista de distribución, S-news, muy activa, cuyos contenidos se recogen en StatLib: te sacará de problemas… o te hará plantearte otros. Si te interesan los modelos de distribución de especies, encontrarás muy útil la librería GRASP. Puedes encontrar además muchas especialidades, funciones, librerías, atajos, etc. en los sitios web personales de B. Ripley, R. Altham, F. Harrell, J. Fox y G. Smyth. S poetry, también de Patrick Burns, es una fuente estupenda para aprender programación con buen humor. Existe un lenguaje hermano, es decir, muy compatible: el R, que puede tener una interfaz más simple pero que tiene la nada desdeñable ventaja de ser gratuito. En la Universidad Autónoma de Barcelona organizan cursos de iniciación al parecer muy completos y en la UCLA tienen varios recursos (estupendos) para aprender a usar R así como otros muchos programas estadísticos.
Lista comentada de libros sobre S y R La secuencia de libros que yo recomendaría para aprender los rudimentos de S-Plus y R, así como cuestiones estadísticas en general es la siguiente: Lo que me habría gustado leer para iniciarme en el lenguaje S: Krause, A.,Olson, M. 2005. (4ª edición) The basics of S-PLUS. Springer, New York . Supongo que sera tan buena como la 2ª edición que yo he usado (The basics of S and S-PLUS, 2000) Muchos ecólogos conocen el clásico GLIM for ecologists, de M.J.Crawley (disponible en la biblioteca de la Facultad de Ciencias de la UAM con la signatura C /57/CRA). Casi una década después este autor ha escrito otro libro excelente con el mismo sentido del humor: Crawley , M. J. 2002. Statistical computing. An introduction to data analysis using S-Plus. John Wiley & Sons, Chichester (disponible en la biblioteca de la Facultad de Informática de la UAM con la signatura INF /519.2/CRA). Es, en realidad, un manual de aproximación al análisis estadístico por lo que creo que puede ser útil aunque no se emplee el S-PLUS. El mismo autor ha publicado dos libros homólogos para R : Statistics: An Introduction Using R (2005, Wiley) y The R Book (2007, Wiley). y 4. Estos dos textos sugieren estrategias para enfrentarse a problemas estadísticos aplicados a ámbitos distintos al de la ecología, aunque resultan familiares: Fox, J. 2002. An R and S-Plus companion to applied regression. Sage, Thousand Oaks , California. Harrell, F. E. 2001. Regression modeling strategies. Springer, New York. y 6. Técnicas avanzadas estadísticas y de programación en S, cuya lectura requiere una buena dosis de paciencia y ánimo: Venables, W. N.,Ripley, B. D. 1999. (3ª edición) Modern Applied Statistics with S-PLUS. Springer-Verlag, New York. Existe una 4ª edición (disponible en la biblioteca de la Facultad de Informática de la UAM con la signatura INF /519.2/VEN) Chambers, J. M.,Hastie, T. J., (Editors). 1993. Statistical models in S. Chapman & Hall, London. Un texto especializado en modelos lineares generalizados que aún no he explorado en detalle: Altham, P. M. E. 2004. Introduction to S-plus for Generalized Linear Modelling, Cambridge. Es un curso de estadística enfocado a estadísticos pero usa muchas funciones de Splus de manera didáctica. Está disponible en la red, en la página de R.Altham donde además podrás encontrar otros muchos recursos para S-plus y R. Tres libros muy recientes de R que de momento sólo he ojeado con avidez, esperando tener tiempo para dedicarles más atención y usarlos en algunas clases: (1) Faraway, J.J. 2004. Linear models with R., (2) Faraway, J.J. 2006. Extending the linear model with R. y (3) Wood, S.N. 2006. Generalized additive models. An introduction with R, todos de Chapman & Hall. (1) y (2) son textos introductorios escritos de manera amena y comprensible con un enfoque en "estadística aplicada" (applied statistics), lo que lo hace más accesible a quienes convivimos con las técnicas estadísticas desapasionadamente. (3) explica el concepto de modelos aditivos generalizados y su desarrollo en R según la librería mgcv, que los usuarios encontrarán que difiere de la librería gam (implementada por defecto en S-Plus) fundamentalmente en que los grados de libertad de los términos de suavizado (como los splines) se ajusta de manera automática. Existen más libros pero prefiero sólo opinar sobre estos porque son aquellos con los que me he cruzado más provechosamente en mi irregular y caótico aprendizaje. Echa un vistazo a la bibliografía de los cursos de introducción a R de la universidad Autónoma de Barcelona. Puedes enviarme tus comentarios y avisos de vínculos obsoletos a mi dirección de correo electrónico.

HERRAMIENTAS, estadística y referencias

La mayor parte de mi trabajo de análisis lo realizo con el programa estadístico S-plus, que puede usarse a través de una sencilla interfaz de usuario pero cuyas máximas prestaciones se obtienen a través de la austera línea de comandos. Merece la pena aprender algunos rudimentos del lenguaje S que implementa el programa, bien con alguno de los libros que menciono más abajo o bien con recursos en la web (el mejor tutorial que conozco es A guide for the unwilling S user de Patrick Burns, aunque otros recursos posibles son estas seis lecciones en castellano preparadas por María Eglée Pérez: i, ii, iii, iv, v y vi; o bien este tutorial en inglés de la Universidad de Alaska en Fairbanks). Se trata de un lenguaje orientado a objetos que resulta próximo a la forma en que los humanos pensamos naturalmente (si no eres humano esto no será una ventaja, claro).

Después de los manuales, quizás la fuente más inmediata de información es su lista de distribución, S-news, muy activa, cuyos contenidos se recogen en StatLib: te sacará de problemas… o te hará plantearte otros. Si te interesan los modelos de distribución de especies, encontrarás muy útil la librería GRASP. Puedes encontrar además muchas especialidades, funciones, librerías, atajos, etc. en los sitios web personales de B. Ripley, R. Altham, F. Harrell, J. Fox y G. Smyth. S poetry, también de Patrick Burns, es una fuente estupenda para aprender programación con buen humor.

Existe un lenguaje hermano, es decir, muy compatible: el R, que puede tener una interfaz más simple pero que tiene la nada desdeñable ventaja de ser gratuito. En la Universidad Autónoma de Barcelona organizan cursos de iniciación al parecer muy completos y en la UCLA tienen varios recursos (estupendos) para aprender a usar R así como otros muchos programas estadísticos.

Lista comentada de libros sobre S y R

La secuencia de libros que yo recomendaría para aprender los rudimentos de S-Plus y R, así como cuestiones estadísticas en general es la siguiente:

Lo que me habría gustado leer para iniciarme en el lenguaje S: Krause, A.,Olson, M. 2005. (4ª edición) The basics of S-PLUS. Springer, New York . Supongo que sera tan buena como la 2ª edición que yo he usado (The basics of S and S-PLUS, 2000)

Muchos ecólogos conocen el clásico GLIM for ecologists, de M.J.Crawley (disponible en la biblioteca de la Facultad de Ciencias de la UAM con la signatura C /57/CRA). Casi una década después este autor ha escrito otro libro excelente con el mismo sentido del humor: Crawley , M. J. 2002. Statistical computing. An introduction to data analysis using S-Plus. John Wiley & Sons, Chichester (disponible en la biblioteca de la Facultad de Informática de la UAM con la signatura INF /519.2/CRA). Es, en realidad, un manual de aproximación al análisis estadístico por lo que creo que puede ser útil aunque no se emplee el S-PLUS. El mismo autor ha publicado dos libros homólogos para R : Statistics: An Introduction Using R (2005, Wiley) y The R Book (2007, Wiley).

y 4. Estos dos textos sugieren estrategias para enfrentarse a problemas estadísticos aplicados a ámbitos distintos al de la ecología, aunque resultan familiares:

Fox, J. 2002. An R and S-Plus companion to applied regression. Sage, Thousand Oaks , California.

Harrell, F. E. 2001. Regression modeling strategies. Springer, New York.

y 6. Técnicas avanzadas estadísticas y de programación en S, cuya lectura requiere una buena dosis de paciencia y ánimo:
Venables, W. N.,Ripley, B. D. 1999. (3ª edición) Modern Applied Statistics with S-PLUS. Springer-Verlag, New York. Existe una 4ª edición (disponible en la biblioteca de la Facultad de Informática de la UAM con la signatura INF /519.2/VEN)

Chambers, J. M.,Hastie, T. J., (Editors). 1993. Statistical models in S. Chapman & Hall, London.
Un texto especializado en modelos lineares generalizados que aún no he explorado en detalle: Altham, P. M. E. 2004. Introduction to S-plus for Generalized Linear Modelling, Cambridge. Es un curso de estadística enfocado a estadísticos pero usa muchas funciones de Splus de manera didáctica. Está disponible en la red, en la página de R.Altham donde además podrás encontrar otros muchos recursos para S-plus y R.
Tres libros muy recientes de R que de momento sólo he ojeado con avidez, esperando tener tiempo para dedicarles más atención y usarlos en algunas clases: (1) Faraway, J.J. 2004. Linear models with R., (2) Faraway, J.J. 2006. Extending the linear model with R. y (3) Wood, S.N. 2006. Generalized additive models. An introduction with R, todos de Chapman & Hall. (1) y (2) son textos introductorios escritos de manera amena y comprensible con un enfoque en "estadística aplicada" (applied statistics), lo que lo hace más accesible a quienes convivimos con las técnicas estadísticas desapasionadamente. (3) explica el concepto de modelos aditivos generalizados y su desarrollo en R según la librería mgcv, que los usuarios encontrarán que difiere de la librería gam (implementada por defecto en S-Plus) fundamentalmente en que los grados de libertad de los términos de suavizado (como los splines) se ajusta de manera automática.

Existen más libros pero prefiero sólo opinar sobre estos porque son aquellos con los que me he cruzado más provechosamente en mi irregular y caótico aprendizaje. Echa un vistazo a la bibliografía de los cursos de introducción a R de la universidad Autónoma de Barcelona.

Puedes enviarme tus comentarios y avisos de vínculos obsoletos a mi dirección de correo electrónico.

	NATURALEZA, aprendizaje y conservación
Vertebrados ibéricos: Un proyecto enciclopédico ambicioso que recopila la información existente sobre los vertebrados españoles, mucha de ella dispersa en publicaciones o informes de difícil acceso. Está continuamente en marcha y abierta a colaboraciones. Programa Anthos: Una magnífica fuente de información, no sólo geográfica, sobre las plantas de España. Puedes buscar la distribución, en cuadrículas de 10x10 kilómetros, de los taxones de tu interés, y conocer sus nombres vernáculos, sinonimias, etcétera. SEO/BirdLife: El sitio web de una las organizaciones conservacionistas con más solera en nuestro país; siempre están necesitados de colaboraciones y nuevos socios, así que anímate a unirte a ellos. Monticola: Posiblemente el grupo de estudiantes más activo de la UAM, pero con intereses naturalistas que van más allá de la universidad. Echa un vistazo a sus cursos, excursiones, actividades de anillamiento y otros. A los pajareros madrileños el Anuario Ornitológico de Madrid les resultará de particular interés. SEO-Sevilla: Un grupo de gente estupenda y animosa con un sitio web bonito y lleno de recursos: proyectos, galería de fotografías, recomendaciones de áreas a visitar... Si pajareas por Sevilla (y alrededores) te encantará contactar con ellos. Quercus: Esta es la mejor revista de naturaleza en España, donde se apoya y fomenta su conservación, y se divulgan estudios científicos muy diversos. Visita su portal web y suscríbete a la versión impresa para ayudarles a mantenerla. Plantas medicinales: Hace poco descubrí este sitio sobre plantas medicinales, donde encontré abundante información sobre sus compuestos químicos y utilidades. Puede que lo encuentres interesante aunque, como yo, no pretendas hacer de druida.

NATURALEZA, aprendizaje y conservación

Vertebrados ibéricos: Un proyecto enciclopédico ambicioso que recopila la información existente sobre los vertebrados españoles, mucha de ella dispersa en publicaciones o informes de difícil acceso. Está continuamente en marcha y abierta a colaboraciones.

Programa Anthos: Una magnífica fuente de información, no sólo geográfica, sobre las plantas de España. Puedes buscar la distribución, en cuadrículas de 10x10 kilómetros, de los taxones de tu interés, y conocer sus nombres vernáculos, sinonimias, etcétera.

SEO/BirdLife: El sitio web de una las organizaciones conservacionistas con más solera en nuestro país; siempre están necesitados de colaboraciones y nuevos socios, así que anímate a unirte a ellos.

Monticola: Posiblemente el grupo de estudiantes más activo de la UAM, pero con intereses naturalistas que van más allá de la universidad. Echa un vistazo a sus cursos, excursiones, actividades de anillamiento y otros. A los pajareros madrileños el Anuario Ornitológico de Madrid les resultará de particular interés.
SEO-Sevilla: Un grupo de gente estupenda y animosa con un sitio web bonito y lleno de recursos: proyectos, galería de fotografías, recomendaciones de áreas a visitar... Si pajareas por Sevilla (y alrededores) te encantará contactar con ellos.
Quercus: Esta es la mejor revista de naturaleza en España, donde se apoya y fomenta su conservación, y se divulgan estudios científicos muy diversos. Visita su portal web y suscríbete a la versión impresa para ayudarles a mantenerla.

Plantas medicinales: Hace poco descubrí este sitio sobre plantas medicinales, donde encontré abundante información sobre sus compuestos químicos y utilidades. Puede que lo encuentres interesante aunque, como yo, no pretendas hacer de druida.