La calidad adecuada del aire se establece en función de niveles que no resulten perjudiciales, ni para la salud humana, ni para el correcto desarrollo vegetal y animal. Los niveles de contaminación atmosférica se evalúan desde dos perspectivas:
La UAM cuenta con una Unidad Móvil que permite controlar los niveles de inmisión de algunos contaminantes atmosféricos, adquirida por la Oficina Ecocampus. Sin embargo su uso se ha limitado, por el momento, al empleo para prácticas de determinadas asignaturas impartidas en Licenciaturas de Ciencias Ambientales, Química o Física y no para un control periódico de la contaminación en el Campus. El uso de la Unidad Móvil para estas asignaturas podría ser compatible con un control más exhaustivo de los niveles de contaminantes que permite medir (Ozono troposférico, SO2, y óxidos de nitrógeno) si se recopilaran y emplearan los datos obtenidos periódicamente por los alumnos/as.
Con respecto a las emisiones, se encuentran fundamentalmente ligadas a los consumos energéticos, bien por combustibles líquidos asociados al transporte, o por electricidad o gas natural.
En el estudio de Transportes realizado en el año 2000 se cifraban de la siguiente manera las estimaciones de emisiones de contaminantes por vehículos desplazados al Campus:
| CONTAMINANTE | ESTIMADO | TOTAL |
|---|---|---|
| CO | 86 g/km | 18 Tn |
| CO2 | 250-1600 | 210 Tn |
| NOX | 145-270 | 56Kg |
| VOs | 45-220 | 27Kg |
| SO2 | 71 | 14Kg |
En Junio de 2007 se realizó una estimación de las emisiones de CO2 vinculadas a la actividad universitaria en el Campus de Cantoblanco. En esta estimación se consideraron tres fuentes de emisión principales: Transporte (tren, cercanías y vehículo privado), Energía y Viajes en avión.

El volumen total de emisiones se estima que alcanza las 23.658 toneladas de CO2 anuales.
En el último año para compensar este volumen de emisiones se replantaron 25.000 árboles, que unidos a los ya existentes reciclan un 0.56% de las emisiones totales.