El centro promueve y facilita el desarrollo de la investigación en colaboración con entidades públicas y privadas con las que comparte intereses de investigación
Entre los objetivos centrales del CIBC-UAM se encuentra ejercer de plataforma que facilite la investigación y promueva las sinergias de los investigadores del centro entre sí, con otros centros de investigación, y con entidades o empresas interesadas en participar en proyectos de la investigación en el área. Las formas de participación pueden ser múltiples, y dependen del tipo de entidad, las necesidades que se quieran cubrir y la perspectiva temporal en que se plantee la colaboración. En general, las colaboraciones dependen de acuerdos y convenios en los que uno o varios investigadores del CIBC-UAM hacen de vínculo entre el centro y la entidad interesada debido a su experiencia en el ámbito de trabajo correspondiente. Por ello, el contacto inicial debe realizarse directamente con ellos, encontrándose en los apartados de líneas de investigación del centro, grupos de investigación y personal información para facilitar este proceso. En otros casos los acuerdos pueden realizarse directamente a través del centro, o recurrir a éste para la búsqueda de potenciales socios entre sus investigadores.
Los Convenios, y la participación en Proyectos y Consorcios de Investigación en convocatorias competitivas nacionales e internacionales, se realizan a través del Servicio de Investigación de la UAM, que proporciona el soporte administrativo y de gestión económica de la investigación. Las donaciones al CIBC-UAM no dirigidas a objetivos concretos de investigación, sino al apoyo de las actividades generales del centro, se vehiculan también a través de la UAM.
Por otra parte, el CIBC-UAM gestiona a través de la Fundación UAM las Cátedras de Patrocinio, Contratos y Asistencias Técnicas que se firman para desarrollar investigación en aspectos teóricos y aplicados de ecología, biodiversidad, conservación y de las interacciones entre el medio natural y las actividades humanas. Igualmente, los cursos de formación no correspondientes a estudios oficiales se gestionan a través de la FUAM.
Los investigadores pre- y post-doctorales interesados en participar en convocatorias a través del CIBC-UAM deben contactar con el investigador del centro que ejerza de tutor, y cuentan con el apoyo técnico y logístico del centro para cumplimentar la solicitud correspondiente.