La actividad científica de Fernando González Bernáldez se desarrolló en el campo de la ecología. Considerado como el principal impulsor de la ecología terrestre en España, creó una escuela de la que participan actualmente numerosas cátedras en diferentes universidades. González Bernáldez realizó aportaciones científicas agrupadas bajo el amplio concepto unificador de interpretación del paisaje.
La cara oculta del ciclo del agua. Una constante en la trayectoria de González Bernáldez fue el interés por el agua, especialmente en su cara más oculta, la de las aguas subterráneas. Primero en Doñana y luego, durante la década de 1980, en las cuencas del Duero y el Tajo, desarrolló con un equipo de colaboradores nuevas ideas sobre las relaciones entre el ciclo del agua y los ecosistemas. Realizó investigaciones sobre aguas subterráneas, paisaje, humedales y vegetación. Comprobó en campo modelos teóricos que relacionaban distintos tipos de flujos de aguas subterráneas con diferentes humedales. Estas investigaciones permitieron entender la aparición en el paisaje de tipos de ecosistemas húmedos, formas del relieve, especies de plantas, etcétera, y su relación distintos tipos de descargas locales y regionales de aguas subterráneas.
La percepción del paisaje. Hacer del paisaje materia de indagación científica, usando métodos cuantitativos y objetivables, sin perder de vista sus dimensiones estéticas y filosóficas fue una de las líneas de trabajo de González Bernáldez. Se aproximó a la base evolutiva de nuestros gustos por la naturaleza, descifrando los factores que hacen unos u otros paisajes atractivos para diversos tipos de personas. Fue consciente de la importancia del paisaje como interfaz para comprender la naturaleza, pero también para sentirla y promover actitudes ciudadanas más comprometidas con el medio ambiente.
La educación ambiental. Representante español en la célebre conferencia de Tbilisi de 1977, considerada un hito internacional en el desarrollo de la educación ambiental, a González Bernáldez le preocuparon todos los aspectos de la tarea educativa en relación con la conciencia ambiental. Desde el ámbito universitario, donde ejerció su labor docente formando a varias generaciones de ecólogos, hasta los niveles básicos de la enseñanza, para los que propuso valiosas reflexiones sobre el modo en que niños y adultos reaccionamos ante la naturaleza, la obra de González Bernáldez sigue siendo fuente de inspiración en todos los niveles de la acción educativa.
Conservación de la naturaleza. Hacer del conocimiento científico una herramienta al servicio de la sociedad fue seña de identidad de la labor investigadora de González Bernáldez. Sus investigaciones tenían moraleja. El valor ambiental de las dehesas y otros sistemas tradicionales de usos, la necesidad de incorporar variables ambientales a la ordenación del territorio, la aplicación de nuevos criterios a la protección de especies y espacios fueron algunas de sus enseñanzas. Cuando en 1992, poco antes de su muerte, el Premio Nacional de Medio Ambiente fue otorgado al conjunto de las organizaciones ecologistas de España, estas decidieron que González Bernáldez fuera su común representante.
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