Facultad de Ciencias Económicas y EmpresarialesEn los años 80 se introdujo el modelo de sine-Gordon aplicado al ADN como posible explicación de tiempos de vida largos en estados abiertos de pares de bases del ADN. En los años 90, algunos trabajos postulaban una posible relación entre la ubicación de promotores de ADN y la dinámica de solitones en la ecuación de sine-Gordon inhomogénea. Nuestro trabajo empezó en 2003, cuando el proyecto del genoma humano llevaba poco tiempo, y la información de genomas y secuencias de bases del ADN empezaba a hacerse pública en internet. Ante el problema de estudiar la dinámica de solitones en estas secuencias, utilizamos el potencial efectivo de solitones en secuencias inhomogéneas de ADN para poder identificar lugares "dinámicamente activos" y poder relacionarlos con la posición de promotores en estas secuencias. Sin embargo, el estudio más a fondo de estos promotores nos llevó a divergir de opiniones anteriores: en nuestro trabajo nos vemos obligados a concluir que este modelo no puede ser suficiente para asociar la dinámica de kinks a la posición de promotores en secuencias de ADN.
En este seminario introduciré el modelo de sine-Gordon aplicado al ADN, mostraré las conclusiones de trabajos anteriores, presentaré la técnica de coordenadas colectivas y el potencial efectivo para el estudio de la dinámica de solitones de sine-Gordon en secuencias inhomogéneas, mostraré las bondades de la aproximación del solitón por una partícula en este potencial (y algunas de sus limitaciones), y finalmente y si nadie se atraganta por el camino utilizaré esa información para demostrar que las conclusiones anteriores no son correctas. Las publicaciones asociadas a la charla las podéis ver en mi página web.
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