Se indican a continuación líneas de investigación de los Departamentos de Ecología de la UAM y la UCM, responsables del programa, en las que se puede realizar la fase de investigación del doctorado. Dentro de cada línea se identifican los investigadores asociados a la misma, señalando si pertenecen a la UAM o a la UCM.
| Acebes Vives, Pablo (UAM) | Herranz Barrera, Jesús (UAM) | Oñate Rubalcaba, Juan José (UAM) |
| Acosta Gallo, Belén (UCM) | Herrero Jáuregui, Cristina (UCM) | Peco Vázquez, Begoña (UAM) |
| Andivia Muñoz, Enrique (UCM) | Jiménez Escobar, Mª Dolores (UCM) | Pérez Corona, Mª Esther (UCM) |
| Barandica Fernández, Jesús María (UCM) | Llusia Genique, Diego (UAM) | Pérez Olea, Pedro (UAM) |
| Castro Parga, Isabel (UAM) | López-Pintor Alcón, Antonio (UCM) | Rubio de Lucas, José Luis (UAM) |
| Coelho dos Santos, Ana Margarida (UAM) | Lozano Mendoza, Jorge (UCM) | Seoane Pinilla, Javier (UAM) |
| de las Heras Puñal, Paloma (UCM) | Malo Arrazola, Juan (UAM) | Serrano Talavera, José Manuel (UCM) |
| de Miguel Garcinuño, José Manuel (UCM) | Martín Azcárate, Francisco (UAM) | Tomás Mezquida, Eduardo (UAM) |
| Delgado Sáez, Juan Antonio (UCM) | Martín Zorrilla, Juan Vicente (UCM) | Traba Díaz, Juan (UAM) |
| Franco Múgica, Fátima (UAM) | Morales Prieto, Manuel Borja (UAM) |
| Alcorlo Pagés, Paloma (UAM) | López Archilla, Ana Isabel (UAM) | Rico Eguizábal, Eugenio (UAM) |
| Baltanás Gentil, Ángel (UAM) | Molla Martínez, Salvador (UAM) | Rovira Sanroque, José Vicente (UCM) |
| Florencio Díaz, Margarita (UAM) | Morcillo Alonso, Felipe (UCM) | Sánchez Montoya, María Mar (UCM) |
| Benayas del Álamo, Javier (UAM) | González Nóvoa, José Antonio (UAM) | Ortega Quero, Marta (UCM) |
| Casado de Otaola, Santos (UAM) | Hevia Martín, Violeta (UAM) | Rescia Perazzo, Alejandro (UCM) |
| Concepción Cuevas, Elena Daniela (UCM) | López de Pablo, Carlos Tomás (UCM) | Schmitz García, María Fé (UCM) |
| Díaz Pineda, Francisco (UCM) | López Santiago, César Agustín (UAM) | |
| García Llorente, Marina (UAM) | Montes del Olmo, Carlos (UAM) |
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