La labor de investigación del Departamento se articula fundamentalmente en torno a tres Grupos de Investigación reconocidos por la UAM:
• Ecología y Conservación de Ecosistemas Terrestres (Terrestrial Ecosystem Ecology and Conservation Research Group, TEG-UAM).
• Laboratorio de Socioecosistemas (Socio-Ecosystems Laboratory).
• Ecología básica y aplicada de Ecosistemas Acuáticos Continentales (Inland-Water Ecosystems Team, I-WET).
A estas líneas fundamentales hay que añadir otras áreas complementarias, entre las que destacan:
• Ecología Microbiana.
• Etnoecología y Ecología Evolutiva.
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