Análisis proteómico cuantitativo de neoplasias linfoides a resolución de célula única usando múltiples plataformas

En los últimos años, los avances en espectrometría de masas y análisis computacional han permitido estudiar el proteoma a nivel de célula individual, lo que abre nuevas posibilidades para analizar la heterogeneidad en cánceres como los linfomas. En este trabajo desarrollamos y validamos distintos flujos de trabajo automatizados de proteómica de célula única en linfoma folicular. Utilizando la línea celular FL518 como modelo, cuantificamos más de 3.000 proteínas por célula, y confirmamos mediante citometría de flujo la expresión específica de marcadores característicos del linfoma folicular como UCHL1, BCL2, CD20, CD38 y CD81 en comparación con una línea celular control. Posteriormente, aplicamos el mismo flujo de trabajo a biopsias primarias de pacientes con linfoma folicular, enriquecidas por FACS (n=4), comparándolas con células B del centro germinal de individuos sanos (n=3), y otras poblaciones linfoides. En estas muestras primarias cuantificamos alrededor de 500 proteínas por célula, abarcando múltiples compartimentos y funciones celulares. El análisis reveló una activación consistente de proteínas como CD74, CD81, IGLV2 y enzimas glucolíticas, junto con una disminución previamente no descrita de proteínas implicadas en el procesamiento de mRNA. En conjunto, este estudio establece el primer mapa cuantitativo de proteómica de célula única en linfoma folicular, revelando tanto programas intrínsecos del tumor como contribuciones del microambiente que no eran accesibles con tecnologías previas. La integración de este enfoque con modelos de inteligencia artificial abre la puerta a descifrar la heterogeneidad tumoral, predecir su comportamiento biológico e identificar biomarcadores accionables, impulsando así una nueva era de oncología de precisión basada en datos.