En la actualidad el Departamento de Organización de Empresas imparte el Doctorado en Contabilidad y Organización de Empresas (junto al Departamento de Contabilidad) y el Doctorado en Economía Financiera: Banca y Bolsa (Doctorado con Mención Europea).
La docencia de ambos doctorado en su primer curso, se ha extinguido en este año académico 2009-2010, quedando únicamente el segundo año del doctorado en el que se realiza el Trabajo de Investigación.
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